簡(jiǎn)要描述:Nanobind UL library prep kit,產(chǎn)品型號(hào):900-601-01 。超長(zhǎng)納米孔測(cè)序。超高分子量DNA提取輔助試劑盒。
產(chǎn)品分類
Product Category詳細(xì)介紹
品牌 | 其他品牌 | 供貨周期 | 一個(gè)月 |
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應(yīng)用領(lǐng)域 | 醫(yī)療衛(wèi)生,環(huán)保,化工,生物產(chǎn)業(yè),綜合 |
高通量和超長(zhǎng)讀取(100 kb-1+Mb)現(xiàn)在齊頭并進(jìn),可以成為您實(shí)驗(yàn)室的??团cNanobind超長(zhǎng)測(cè)序。該方法已被用于生成長(zhǎng)的測(cè)序數(shù)據(jù)。我們?cè)?020年1月以2.44 Mb的讀取量打破了之前的2.3 Mb記錄。幾個(gè)月后,我們以290萬(wàn)的讀取量打破了這一記錄。最近,牛津納米孔以他們自己的4.1 Mb的讀取量打破了我們的記錄。
最高的讀長(zhǎng)度和吞吐量組合
與以前的超長(zhǎng)測(cè)序方法相比,這種新方法的吞吐量提高了10-100倍。在廣泛的樣本類型中,始終獲得1-2+Mb的最長(zhǎng)讀取,50-100+kb的讀取長(zhǎng)度N50,以及10-20+Gb的MinION吞吐量和50-100+Gb的PromethION吞吐量。
此方法旨在100+kb和200+kb讀取的數(shù)據(jù)量。雖然該方法可以用于生成超過(guò)200 kb的讀取長(zhǎng)度N50,但超長(zhǎng)數(shù)據(jù)吞吐量實(shí)際上可以通過(guò)更溫和的讀取長(zhǎng)度N50 (50-100 kb)。秘訣在于保持高毛孔占有率。
該方法
首先,使用適當(dāng)?shù)腘anobind試劑盒(CBB,植物核或組織)提取UHMW(50 kb1+Mb)DNA。我們開(kāi)發(fā)了全新的UHMW DNA提取方案,從而降低了DNA的粘性,提高了測(cè)序吞吐量,甚至延長(zhǎng)了讀取長(zhǎng)度。
每個(gè)Nanobind UL庫(kù)準(zhǔn)備套件配有一個(gè)UHMW DNA輔助套件,與適當(dāng)?shù)腘anobind套件一起用于UHMW DNA提取。
然后,將Nanobind UL文庫(kù)準(zhǔn)備試劑盒與Oxford Nanopore超長(zhǎng)DNA測(cè)序試劑盒(SQK-ULK001)結(jié)合使用,制備UHMW DNA進(jìn)行測(cè)序。基于轉(zhuǎn)座酶的方法用于將測(cè)序適配器和馬達(dá)蛋白添加到UHMW DNA中。ONT試劑盒包含所有酶和試劑。我們的工具包包含Nanobind磁盤和緩沖區(qū)執(zhí)行反應(yīng)清理。與磁性顆粒不同,我們的磁性Nanobind磁盤可以在不剪切的情況下快速純化兆酶DNA,首先在提取中,然后在文庫(kù)準(zhǔn)備中。
與其他超長(zhǎng)測(cè)序方法相比,這種新方法不使用快速測(cè)序試劑盒(SQK-RAD004)。與Oxford Nanopore合作,對(duì)提取、文庫(kù)準(zhǔn)備和測(cè)序進(jìn)行了基礎(chǔ)優(yōu)化,以實(shí)現(xiàn)高孔隙占有率,從而大幅提高產(chǎn)量。它與MinION, GridION和PromethION兼容,并對(duì)核酸酶沖洗反應(yīng)良好。
標(biāo)準(zhǔn)的Nanobind超長(zhǎng)測(cè)序協(xié)議生成一個(gè)6倍的MinION庫(kù)或3倍的PromethION庫(kù),該庫(kù)被拆分并按順序加載到相同的流式細(xì)胞上,通過(guò)核酸酶沖洗間隔以最大限度地提高吞吐量(每個(gè)流式細(xì)胞3次加載,每次24小時(shí))。MinION/GridION/PromethION使用相同的協(xié)議。
該方案最初是在培養(yǎng)的細(xì)胞、細(xì)菌、人血和有核血液樣本上開(kāi)發(fā)的。從那時(shí)起,它已經(jīng)擴(kuò)展到動(dòng)物組織和植物樣本。改進(jìn)讀取長(zhǎng)度和進(jìn)一步擴(kuò)大樣本類型的工作正在進(jìn)行中。
包括:
1.NAF無(wú)醇結(jié)合緩沖液
2.WAF無(wú)酒精洗滌緩沖液
3.EB +洗脫緩沖
4.6x Nanobind磁盤
每個(gè)套件可用于運(yùn)行6個(gè)流單元,使用3X庫(kù)。
還包括與適當(dāng)?shù)腘anobind試劑盒結(jié)合使用的UHMW DNA輔助試劑盒,以執(zhí)行UHMW DNA提取。每個(gè)輔助套件包含:
1.10X 紅細(xì)胞裂解緩沖液
2. 蛋白酶K
3.核糖核酸酶一
4.CLE3消化緩沖液
5.ULL裂解/結(jié)合緩沖液
6.CS消化補(bǔ)充劑
上海牧榮生物科技有限公司
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