獲得代謝組學數(shù)據(jù)后,需要利用軟件讀取并分析原始數(shù)據(jù)的信息,以確定原始數(shù)據(jù)中所含代謝成分的組成和含量。有許多統(tǒng)計軟件可以讀取和分析核磁共振譜和質譜數(shù)據(jù)。 XCMS 是一款常用的免費軟件,用于讀取和分析質譜原始數(shù)據(jù)。類似的常用軟件還有MZmine2、MetAlign、MathDAMP、LCMStats等。
一旦獲得代謝物組成和含量,就可以對這些數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計分析。常用的分析方法包括主成分分析(PCA)、偏最小二乘回歸、聚類分析、差異表達分析等。結果還可以利用上述數(shù)據(jù)庫進行功能和通路富集分析。